PHVIT9560 Bioinformatikk med fordypning i analyse av data fra massiv parallell sekvensering Emneplan

The course will introduce students to basic bioinformatics including best practice when setting up and managing bioinformatics projects. The course covers introduction to high throughput sequencing technologies and will give students hands-on experience with the analysis of data from various sequencing platforms. Applications that are included in the practical part are processing of raw data reads, control of quantity and quality of data (FASTQC), expression analysis of small RNA sequencing data (miRNA) and transcriptome sequencing/microarray (mRNA-seq, cDNA) data, and detection of variation (e.g. SNPs) after resequencing (variant calling).

This course is primarily aimed at PhD candidates admitted to the PhD programme in Health Sciences and PhD students from Memorial University, Newfoundland. General terms for admission to the course is a completed master’s degree in molecular biology or equivalent qualification (e.g. completed MABIO4400). Priority will be given to PhD candidates from OsloMet and Memorial University, Newfoundland.

Note that all students must have a laptop not more than 2 years old (windows 7 or more recent or mac with OS X). The laptop must be able to connect to a wireless network.

The course can also be offered to students who have been admitted to the "Health Science Research Programme, 60 ECTS", by prior approval from the supervisor and based on given guidelines for the research programme.

Admission to the course may also be offered to master students attending the Master’s Programme in Biomedicine / Master in Health and Technology, by prior approval from the thesis supervisor and depending on course capacity. These students must have completed the first 60 ECTS credits of the Master’s programme including MABIO4400, and write a master’s project where this course is considered relevant.

I dette emnet får studentene en innføring i sentrale atferds- og ferdighetsområder som er viktige for at mennesker med ulike funksjonsnedsettelser kan leve gode og selvstendige liv. Sentralt i emnet står anvendt atferdsanalyse som faglig utgangspunkt for kartlegging og analyse, samt for vurderinger av behandlingsmål og -metoder.

Bestått følgende emner: VERN1110/VERND1110, VERN1210/VERND1210, VERN1310/VERND1310, VERN1400/VERND1400/VERNL1400.

Godkjente arbeidskrav i: VEPRA10/VEPRAD10/VEPRAL10.

Etter gjennomført emne har studenten følgende læringsutbytte definert i kunnskap, ferdigheter og generell kompetanse:

Kunnskap

Studenten

• har bred kunnskap om etiske problemstillinger ved datainnsamling, analyse, målvalg og tiltak
• har bred kunnskap om pasienters og brukeres personvern ved datainnsamling, analyse, målvalg og tiltak
• har bred kunnskap om ulike observasjons- og registreringsmetoder, test, screening og ulike standardiserte tester

Ferdigheter

Studenten

• kan kartlegge og analysere årsaker til atferd
• kan anvende opplæringsprogrammer som fremmer grunnleggende ferdigheter, dagliglivets ferdigheter, verbale ferdigheter og samarbeidsferdigheter
• kan foreslå og begrunne anerkjente tiltak og metoder i opplæring og for å redusere utfordrende atferd
• kan redegjøre for og beskrive N=1 design
• kan redegjøre for motivasjonelle operasjoner som miljøterapeutisk virkemiddel
• kan redegjøre for prinsipper for å anvende naturlige og arrangerte forsterkningsbetingelser i opplæring
• kan planlegge, gjennomføre og dokumentere ulike tiltak
• kan redegjøre for, definere og vise praktiske ferdigheter i observasjonsmetoder og registreringsmetoder

Generell kompetanse

Studenten

• kan planlegge og delta i gjennomføring av tiltak i tråd med etiske retningslinjer og etter anerkjente metoder
• kan begrunne hvorfor de ulike observasjons- og registreringsmetodene er egnet for bestemte formål

Emnet omfatter forelesninger, veiledet gruppearbeid, workshop og litteraturstudier. Studenten deltar i tillegg i ferdighetstrening, rollespill og videodemonstrasjoner. Studentene tar to flervalgstester i løpet av emnet: Før undervisningen starter gjennomføres en pretest for å se hvilke forkunnskaper studentene har. Senere gjennomfører studentene en posttest for å få kartlagt den enkeltes læring/forståelse av undervisningen. Posttesten kan gjennomføres inntil tre ganger.

Følgende arbeidskrav må være godkjent for å fremstille seg til avsluttende vurdering:

• Pretest ved oppstart av emnet.
• Deltagelse i veiledet gruppearbeid med framlegg.
• Planlegge og holde muntlig presentasjon i gruppe.
• Posttest ved emnets slutt.

Eksamensinnhold: Læringsutbyttene.

Eksamensform: Individuell skriftlig eksamen under tilsyn, fire timer.

Sensorordning: To sensorer.

Vurderingsuttrykk: Gradert skala med fem trinn fra A til E for bestått og F for ikke bestått.

Hjelpemidler til vurdering/eksamen

Ingen.

Pensumliste

Obligatorisk pensum

Bech, H. & Ottersen, K.-O. (2006). Kartlegging av preferanser hos en ungdom med autisme: Samsvar mellom resultater fra ulike metoder. Norsk tidsskrift for atferdsanalyse, 33 (4), 205-213. [8 sider]

Cicero, F. R. & Pfadt, A. (2002). Investigation of a reinforcement-based toilet training procedure for children with autism. Research in Developmental Disabilities, 23 (5), 319-331. doi:10.1016/S0891-4222(02)00136-1 [12 sider] [Lenke til fulltekst: http://www.sciencedirect.com.ezproxy.hioa.no/science/article/pii/S0891422202001361

Cooper, J. O., Heron, T. E. & Heward, W. L. (2014). Applied behavior analysis (2. utg.). Harlow: Pearson. [Kapittel 1-2, 4, 11-26 og 28-29] [485 sider] [Finnes også som e-bok: https://www-dawsonera-com.ezproxy.hioa.no/abstract/9781292036397]

Foster, S. L., & Mash, E. J. (1999). Assessing social validity in clinical treatment research: Issues and procedures. Journal of Consulting and Clinical Psychology, 67 (3), 308-319. doi:10.1037/0022-006X.67.3.308[20 sider] [Lenke til fulltekst: http://doi.apa.org.ezproxy.hioa.no/fulltext/1999-03648-003.html

Green, C. W., Reid, D. H., Rollyson, J. H. & Passante, S. C. (2005). An enriched teaching program for reducing resistance and indices of unhappiness among individuals with profound multiple disabilities.Journal of Applied Behavior Analysis, 38 (2), 221-233. doi:10.1901/jaba.2005.4-04. [12 sider] [Lenke til fulltekst: http://onlinelibrary.wiley.com.ezproxy.hioa.no/doi/10.1901/jaba.2005.4-04/epdf]

Holden, B. (2010). Språk, regelstyring og bevissthet. I S. Eikeseth & F. Svartdal (Red.), Anvendt atferdsanalyse: Teori og praksis (2. utg., s. 80-99). Oslo: Gyldendal akademisk. [Deler av kapitlet, 5 sider]

Kjønstad, A., Syse, A. & Kjelland, M. (2017). Velferdsrett I: Grunnleggende rettigheter, rettssikkerhet og tvang (6. utg.). Oslo: Gyldendal juridisk. [Deler av kapittel 10 Tvangshjemler og tvangsbruk i velferdsretten, side 473-494] [21 sider]

McClannahan, L. E. & Krantz, P. J. (2008). Aktivitetsplaner for barn med autisme: Trening av selvstendig atferd (R. Enerstvedt, & S. Å. Hansen, Overs.). Oslo: Gyldendal akademisk. [144 sider]

Ottersen, K., & Bech, H. (2008). Utarbeidelse av standardiserte lister over stimuli som kan brukes til kartlegging av forsterkere hos personer med alle grader av utviklingshemning. Norsk tidsskrift for atferdsanalyse, 35 (4), 179-190.

Sundberg, M. L., & Partington, J. W. (1998). Teaching language to children with autism or other developmental disabilities (Versjon 7.1). Concord, CA: AVB Press. [Kapittel 4, Augmentive Communication] [23 sider] [OBS! Denne boken tas ikke inn av Akademika bokhandel. Den kan kjøpes fra forlaget for en rimelig sum: proedinc.com/customer/ProductView.aspx?ID=1027&sSearchWord=R.+Vance+Hall%20 Levering kan ta et par uker.]

van Houten, R., Axelrod, S., Bailey, J. S., Favell, J. E., Foxx, R. M., Iwata, B. A. & Løvaas, O. I. (1988). The right to effective behavioral treatment. Journal of Applied Behavior Analysis, 21 (4), 381-384. doi:0.1901/jaba.1988.21-381 [4 sider] [Lenke til fulltekst: http://onlinelibrary.wiley.com.ezproxy.hioa.no/doi/10.1901/jaba.1988.21-381/epdf

van Houten, R., & Hall, R. V. (2001). The measurement of behavior: Behavior modification (3. utg.). Austin, TX: Pro-Ed.[113 sider]

Øyen, B. (2014). Pedagogiske tiltak for personer med store og sammensatte funksjonsvansker: En presentasjon og vurdering av forskning 2000-2013. Norsk tidsskrift for atferdsanalyse, 41 (1), 1-31. Hentet fra http://www.nta.atferd.no/loadfile.aspx?IdFile=1143[30 sider]

Samlet er pensum på ca. 900 sider.

Anbefalt litteratur

Cooper, J. O., Heron, T. E. & Heward, W. L. (2014). Applied behavior analysis (2. utg.). Harlow: Pearson. [Øvrige kapitler utover obligatorisk pensum] [Finnes også som e-bok: https://www-dawsonera-com.ezproxy.hioa.no/abstract/9781292036397

Horne, H. & Øyen, B. (2007). Målrettet miljøarbeid: Anvendt atferdsanalyse: Del 2. Opplæringsteknikker (2. utg.). Oslo: G.R.D. forl.

Horne, H. & Øyen, B. (2008). Målrettet miljøarbeid: Anvendt atferdsanalyse: Del 3. Språk, dagliglivets ferdigheter, problematferd (2. utg.). Oslo: G.R.D. forl.

Løkke, J. A., Iversen, A. B., Lind, A., Riis, M., & Vold, J. A. (2011). Tidsbasert fjerning av krav, differensiell forsterkning og motstand mot stell hos en person med demens. Norsk tidsskrift for atferdsanalyse, 38 (2), 69-75.

Løvaas, O. I. (2003). Opplæring av mennesker med forsinket utvikling: Grunnleggende prinsipper (Glenne kompetansesenter, Overs.). Oslo: Gyldendal akademisk. [Øvrige kapitler utover obligatorisk pensum]

Steingrimsdottir, H. S., & Arntzen, E. (2015). On the utility of within-participant research design when working with patients with neurocognitive disorders. Clinical Interventions in Aging , 10, 1189-1200. doi:10.2147/CIA.S81868[Lenke til fulltekst: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4516033/

Trahan, M. A., Kahng, S., Fisher, A. B., & Hausman, N. L. (2011). Behavior-analytic research on dementia in older adults. Journal of Applied Behavior Analysis, 44 (3), 687-691. doi:10.1901/jaba.2011.44-687[Lenke til fulltekst: http://onlinelibrary.wiley.com.ezproxy.hioa.no/doi/10.1901/jaba.2011.44-687/epdf

(Pensumliste ajour: 2017-08-02 i APA 6th-stil v/lmb, bibl. Kjeller)

This course is primarily aimed at PhD candidates admitted to the PhD programme in Health Sciences and PhD students from Memorial University, Newfoundland. General terms for admission to the course is a completed master's degree in molecular biology or equivalent qualification (e.g. completed MABIO4400). Priority will be given to PhD candidates from HIOA and Memorial University, Newfoundland.

Note that all students must have a laptop not more than 2 years old (windows 7 or more recent or mac with OS X). The laptop must be able to connect to wireless network.

The course can also be offered to students who have been admitted to the "Health Science Research Programme, 60 ECTS", by prior approval from the supervisor and based on given guidelines for the research programme.

Admission to the course may also be offered to master students attending the Master’s Programme in Biomedicine / Master in Health and Technology, by prior approval from the thesis supervisor and depending on course capacity. These students must have completed the first 60 ECTS credits of the Master’s programme including MABIO4400, and write a master’s project where this course is considered relevant.