PHVIT9560 Bioinformatikk med fordypning i analyse av data fra massiv parallell sekvensering Emneplan

The course will introduce students to basic bioinformatics including best practice when setting up and managing bioinformatics projects. The course covers introduction to high throughput sequencing technologies and will give students hands-on experience with the analysis of data from various sequencing platforms. Applications that are included in the practical part are processing of raw data reads, control of quantity and quality of data (FASTQC), expression analysis of small RNA sequencing data (miRNA) and transcriptome sequencing/microarray (mRNA-seq, cDNA) data, and detection of variation (e.g. SNPs) after resequencing (variant calling).

Admission requirements

This course is primarily aimed at PhD candidates admitted to the PhD programme in Health Sciences and PhD students from Memorial University, Newfoundland. General terms for admission to the course is a completed master's degree in molecular biology or equivalent qualification (e.g. completed MABIO4400). Priority will be given to PhD candidates from OsloMet and Memorial University, Newfoundland.

Note that all students must have a laptop not more than 2 years old (windows 7 or more recent or mac with OS X). The laptop must be able to connect to wireless network.

Ingen forkunnskapskrav.

Ingen forkunnskapskrav.

• Studenten skal etter å ha fullført emnet ha følgende totale læringsutbytte definert i kunnskap, ferdigheter og generell kompetanse:

Kunnskaper

Studenten

• har grunnleggende kunnskap om registreringsstandarder og metadataskjemaer for beskrivelse og gjenfinning av ulike dokumenttyper i bibliotek
• har grunnleggende kunnskap om metadatakvalitet og betydningen for gjenfinning og utveksling
• har god kunnskap om emnebeskrivelse og emnespråk

Ferdigheter

Studenten

• har grunnleggende ferdigheter i å analysere og beskrive ulike dokumenttyper med tanke på gjenfinning i bibliotek
• har grunnleggende ferdigheter i å vurdere og evaluere bibliografiske registreringsstandarder og metadataskjemaer
• har grunnleggende ferdigheter i innholdsanalyse av dokumenter og bruk av emnespråk.

Generell kompetanse

Studenten

• har kompetanse i bruk av digitale verktøy og teknologi
• har erfaring i samarbeid og arbeidsdeling
• har evne til å formidle og diskutere teknologi og bruk av teknologi i egen disiplin

Studenten skal etter å ha fullført emnet ha følgjande totale læringsutbyte definert i kunnskap, dugleikar og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten

• har grunnleggjande kunnskap om registreringsstandardar og metadataskjema for beskriving og gjenfinning av ulike dokumenttypar i bibliotek
• har grunnleggjande kunnskap om metadatakvalitet og kva denne har å sei for gjenfinning og utveksling
• har god kunnskap om emnebeskriving og emnespråk

Dugleikar

Studenten

• kan det grunnleggjande i å analysera og beskriva ulike dokumenttypar med tanke på gjenfinning i bibliotek
• kan det grunnleggjande i å vurdera og evaluera bibliografiske registreringsstandardar og metadataskjema
• kan det grunnleggjande i å gjera innhaldsanalyse av dokument og i bruk av emnespråk

Generell kompetanse

Studenten

• har kompetanse i bruk av digitale verktøy og teknologi
• har erfaring i samarbeid og arbeidsdeling
• har evne til å formidla og diskutera teknologi og bruk av teknologi i eigen disiplin

Arbeidsformene veksler mellom videoforelesninger, nettdiskusjoner, webinarer og selvstudium.

Arbeidsformene vekslar mellom videoførelesingar, nettdiskusjonar, webinar og sjølvstudium.

For å kunne framstille seg til eksamen må studenten ha følgende godkjente arbeidskrav:

• Arbeidskrav 1: Klassifikasjon. Studentene løser oppgaver for å bli kjent med klassifikasjonsskjema. Omfang på besvarelsen vil være omtrent 1 side.
• Arbeidskrav 2: Emneord. Studentene løser oppgaver for å lære om emneord. Omfang på besvarelsen vil være omtrent 1 side.
• Arbeidskrav 3: Dokumentbeskriving. Studentene arbeider med konkrete metadata og modeller for dokumentbeskriving. Omfang på besvarelsen vil være omtrent 2-6 sider.
• Arbeidskrav 4: En individuell skriftlig oppgave som svarer på en selvvalgt problemstilling innenfor en gitt ramme. Arbeidsmengden vil være omtrent som de tre første arbeidskravene til sammen. Omfang vil variere etter problemstillingen som velges.

Emnet har arbeidskrav for at studenten skal tilegne seg evne til å bearbeide og anvende det faglige innholdet, utover kun å lese pensum og/eller ta eksamen.

Arbeidskravene må være gjennomført og godkjent innen fastlagt frist for at studenten skal kunne framstille seg til eksamen. Dersom ett eller flere arbeidskrav ikke blir godkjent, gis det anledning til å kunne levere en forbedret versjon én gang innen angitt frist.