PHVIT9560 Bioinformatikk med fordypning i analyse av data fra massiv parallell sekvensering Emneplan

The course will introduce students to basic bioinformatics including best practice when setting up and managing bioinformatics projects. The course covers introduction to high throughput sequencing technologies and will give students hands-on experience with the analysis of data from various sequencing platforms. Applications that are included in the practical part are processing of raw data reads, control of quantity and quality of data (FASTQC), expression analysis of small RNA sequencing data (miRNA) and transcriptome sequencing/microarray (mRNA-seq, cDNA) data, and detection of variation (e.g. SNPs) after resequencing (variant calling).

Studenter ved OsloMet - storbyuniveristetet har tilbud om å kunne ta deler av studiet i utlandet. Fakultet for samfunnsvitenskap har et godt etablert samarbeid med en rekke universiteter, høgskoler og institusjoner i land i og utenfor Europa. Studieopphold i utlandet kan gi et viktig bidrag til faglig og personlig utvikling; det vil gi nye faglige utfordringer, nye internasjonale kontakter, bedre språkkunnskaper og innsikt i andre kulturer. Det legges til rette for at studentene kan gjennomføre prosjektperioden i 2. studieår eller praksisperioden i 3. studieår i utlandet. Studentene kan søke om å ta et kreativt semester i utlandet i stedet for prosjekt i 2. studieår. Det kan også gjøres spesielle avtaler om å ta deler av studiet i utlandet. Studenter som skal gjøre feltarbeid i (reise til) land i Sør deltar på obligatorisk feltforberedende kurs i regi av universitetet før avreise.

Det stilles særskilte krav til å få ta deler av utdanningen i utlandet. 

Obligatoriske oppgaver og arbeidskrav som skal leses av samarbeidspartene i utlandet skal skrives på engelsk.

Innreisende studenter fra partneruniversiteter kan søke om å gjennomføre sin praksisperiode i Oslo. De må først ha gjennomført minst ett år av sitt studium ved sin institusjon.

Innreisende studenter kan søke om deltagelse i emnet Child Welfare and Creative Methods in Social Work eller i en engelskspråklig gruppe i emnet Sosialt gruppearbeid .

Obligatorisk undervisning

Flere av emnene i studiet har krav om tilstedeværelse på deler av undervisningen. Dette gjelder i hovedsak i undervisning hvor studenten skal tilegne seg kompetanse som både er en del av formålet med studiet, og som studenten ikke kan tilegne seg ved kun å lese pensum og/ eller ikke kan prøves i ved eksamen.

All deltakelse i obligatorisk undervisning må godkjennes til angitt tidspunkt. Studentene har selv ansvar for å notere inn sin tilstedeværelse på nærværslistene, og få den attestert av ansvarlig faglærer og/eller medstudenter.

Det er normalt krav til 80 % nærvær der det stilles krav om obligatorisk tilstedeværelse. Ved fravær utover 20 % gis et alternativt arbeidskrav som kompensasjon for fraværet.

Ved fravær over 40 % mister studenten retten til å fremstille seg til eksamen.

Krav til nærværsplikten er presisert under de enkelte emnene.

Skriftlig arbeidskrav

Arbeidskrav og andre oppgaver har som formål å trene skriftlige og muntlige ferdigheter, og evne til å innhente kunnskap for å kunne analysere, vurdere og framstille denne på en forståelig måte. Oppgaveskriving skal også gi studentene øvelse i skriftlig framstilling i sosialtjenesten, og andre institusjoner og organisasjoner som er relevante arbeidssteder for sosialarbeidere.

Arbeidskravene og andre oppgaver kan være individuelle eller bli gitt som gruppeoppgaver. Arbeidskravene er obligatoriske. Andre oppgaver gis i tillegg til og gjerne som forberedelse til undervisning. Gjennom studiet stilles økende krav til nivå og omfang av arbeidskravene.

Når det i et arbeidskrav stilles krav om deltakelse i gruppearbeid, er dette godkjent først når studenten har deltatt aktivt og regelmessig i gruppens arbeid. Gruppen skal bekrefte at de enkelte medlemmer har oppfylt dette kravet gjennom en skriftlig erklæring. Erklæringen underskrives av alle i gruppen og leveres sammen med arbeidskravet. Ved gruppearbeidskrav gjelder samme prosedyre for eventuell omarbeiding som ved individuelle besvarelser.

Alle arbeidskrav fastsatt i programplanen må gjennomføres og leveres innen en angitt frist og være godkjent. Dersom arbeidskravet ikke leveres innen angitt frist, eller ikke blir godkjent, mister studenten retten til å fremstille seg til eksamen, jf. forskrift om studier og eksamen ved OsloMet - storbyuniversitetet.

Se de ulike emnene for oversikt over arbeidskrav knyttet til emnene og krav til tilstedeværelse.

Alternativt skriftlig arbeidskrav

Dersom krav til obligatorisk tilstedeværelse på undervisningen ikke er godkjent, må studenten levere et alternativt skriftlig arbeidskrav innen en angitt frist. Arbeidskravet skal vurderes av faglærer, og må være godkjent for at studenten skal beholde retten til å gå opp til eksamen. Tilbakemelding utover Godkjent/Ikke godkjent gis ikke.

Der det er obligatorisk undervisning, er det i de fleste tilfeller angitt en maksimal grense for fravær hvor det ikke er mulig å kompensere med alternativt skriftlig arbeidskrav. Overskrides denne grensen, mister studenten retten til å fremstille seg til eksamen, også i de tilfeller der fraværet skyldes sykdom. Jf. forskrift om studier og eksamen ved OsloMet - storbyuniversitetet.

Krav til skriftlige arbeider

Skriftlige arbeider skal følge godkjent referansestil APA (American Psychological Association). Alle besvarelser skrives i skrifttype Times New Roman med skriftstørrelse 12 og linjeavstand 1,5.

Vurdering og sensur skal foregå i samsvar med bestemmelsene om vurdering i lov av 1. april 2005 nr. 15 om universiteter og høyskoler og forskrift om studier og eksamen ved OsloMet - storbyuniversitetet. Studentene plikter å sette seg godt inn i gjeldende regler.

Studenter som har fått godkjent nærværsplikten og har fått godkjent arbeidskrav, har rett til å fremstille seg til eksamen, jf. forskrift om studier og eksamen ved OsloMet - storbyuniversitetet.

Eksamensoppgavene tar utgangspunkt i emner det er undervist i, i litteratur (obligatorisk og selvvalgt pensum) og praksisstudiet. Relevante lover skal være tilgjengelig i eksamenslokalene ved muntlig eksaminering.

Ved sosionomutdanningen avholdes i hovedsak integrerte eksamener. Det er ikke grunnlag for å innvilge fritak for deler av eksamen ved integrerte eksamener.

Studenten melder seg opp til eksamen ved å bekrefte utdanningsplanen for inneværende semester. Ved ny/utsatt eksamen må studenter selv melde seg opp via Studentweb.

Det vises til generell informasjon om eksamen.

Vurderingsformer

Vurderingsformer som benyttes er skriftlig eksamen under tilsyn, individuell hjemmeeksamen, eksamen i gruppe, muntlig eksamen og oppgaveskriving over en lengre periode, eller en kombinasjon av disse.

Vurderingsuttrykk

Som vurderingsuttrykk brukes enten en gradert skala med fem trinn fra A til E for bestått og F for ikke bestått eller vurderingsuttrykket Bestått/Ikke bestått. For detaljert beskrivelse av karakteruttrykket Bestått/ Ikke bestått, se emnene Prosjektarbeid , og Profesjonell samhandling . Praksis blir vurdert med Godkjent/ Ikke godkjent.

Eksamensspråk

Eksamen skal normalt besvares på bokmål eller nynorsk. Studenter fra Sverige eller Danmark kan skrive på sitt morsmål. Studenter som velger emnet Child Welfare and Creative Methods in Social Work i stedet for emnet Prosjektarbeid i 2. studieår må skrive eksamen på engelsk. Studenter som har sin prosjektperiode i utlandet, må skrive prosjektrapport på engelsk. Unntak her er grupper som har vært i Sverige eller Danmark.

Sensorordninger

Det benyttes både interne og eksterne sensorer på hver eksamen. Hvordan sensorer benyttes, beskrives nærmere under hvert emne.

Tillatte hjelpemidler til eksamen

Tillatte hjelpemidler som kan benyttes er presisert under de ulike emnene.

Begrunnelse og klageadgang

Kandidaten har rett til begrunnelse og rett til å klage på karakterfastsetting og/ eller formelle feil ved eksamen, i samsvar med lov om universiteter og høyskoler §§ 5-2, 5-3 og 3-9 og i forskrift om studier og eksamen ved OsloMet - storbyuniversitetet §§ 7-3 og 7-4. Studenter som ønsker å forbedre karakteren kan normalt bare melde seg opp til ordinær eksamen jf. forskrift om studier og eksamen ved OsloMet - storbyuniversitetet § 5-2.

Vitnemål

Etter fullført studium får studenten tildelt vitnemål med alle sluttkarakterer på de emnene som danner grunnlaget for graden. Emnene i tabellen under inngår på vitnemålet.

Skikkethetsvurdering

Bachelor i sosialt arbeid er omfattet av Forskrift om skikkethetsvurdering i høyere utdanning, fastsatt av Kunnskapsdepartementet 30. juni 2006:;

Skikkethetsvurdering er en helhetsvurdering av studentens faglige og personlige forutsetninger for å kunne fungere som helse- eller sosialpersonell. Nærmere informasjon om skikkethetsvurdering finner du på intranettet for studenter ved;OsloMet.;

Studentmedvirkning

;

Tillitsvalgt

Hvert kull velger to til tre studenter som sine tillitsvalgte. Tillitsvalgt ved det enkelte kull;har jevnlige møter med;årstrinnets;koordinerende lærer (årskoordinator) for å gi situasjonsrapporter fra kullet.;

Dialogseminar og dialogmøte;

Hvert år arrangeres det et dagsseminar og et kortere dialogmøte der de tillitsvalgte på alle tre;årstrinn, og;representanter fra utdanningen deltar.;Tema for dialogseminaret drøftes i forveien med studentene.;

;

Tverrprofesjonelt prosjekt - INTERACT

Studentene deltar i prosjektet INTERACT, (som utgjør til sammen 4,5;stp.) der en del av undervisningsopplegget gjennomføres i tverrprofesjonelle studentgrupper. Undervisningen (INTER1100, INTER1200 og INTER1300) gjennomføres i henholdsvis 1., 2. og 3. studieår, med økende kompleksitet. For nærmere informasjon om INTERACT se https://www.oslomet.no/forskning/forskningsprosjekter/interact

Admission requirements

This course is primarily aimed at PhD candidates admitted to the PhD Programme in Health Sciences but is also open to other applicants. Admission requirements are a completed hovedfag, master's degree (120 ECTS credits) or equivalent qualification.

The course can also be offered to students who have been admitted to the "Health Science Research Programme, 60 ECTS", by prior approval from the supervisor and based on given guidelines for the research programme.

On completion of the course, the PhD candidate has achieved the following learning outcomes, defined in terms of knowledge, skills, and competence:

Knowledge

The PhD candidate:

• has an outstanding insight into the most relevant methodologies for user involvement in decision-making processes for identifying relevant research questions
• is at the forefront of knowledge about how to identify and verify evidence gap.

Skills

The PhD candidate can:

• identify, facilitate and use the most suitable methodology in which users/stakeholders suggest, discuss, prioritize and agree on research questions they consider important, in a given context/study
• identify, verify and document evidence gaps by systematically searching the existing evidence, that is, conducting literature searches and selecting relevant and high-quality articles

General competence

The PhD candidate can:

• utilize processes for user involvement, as well as identification and verification of evidence gaps, in order to identify relevant and unanswered research questions.
• facilitate Needs Led Research in close collaboration with the relevant field of practice
• develop project management and communication skills.

Work and teaching methods consist of lectures, seminars, small group work and discussions, self-study, and practical exercises. In the seminars the students will present and discuss the status of their work and progress in plenary sessions.

None