PHVIT9560 Bioinformatics with emphasis on analysis of high throughput sequencing data Course description

The course will introduce students to basic bioinformatics including best practice when setting up and managing bioinformatics projects. The course covers introduction to high throughput sequencing technologies and will give students hands-on experience with the analysis of data from various sequencing platforms. Applications that are included in the practical part are processing of raw data reads, control of quantity and quality of data (FASTQC), expression analysis of small RNA sequencing data (miRNA) and transcriptome sequencing/microarray (mRNA-seq, cDNA) data, and detection of variation (e.g. SNPs) after resequencing (variant calling).

The course covers the role of pharmaceuticals in the prevention and treatment of illness from an individual and societal perspective. Emphasis is placed on subjects in the field of social pharmacy and medicine epidemiology. The course focuses on users of pharmaceuticals in different phases of life and with different illnesses, particularly on individually adapted follow-up and information on correct use of pharmaceuticals. The general subject matter is examined in a societal perspective in relation to medication and medicalisation of different life situations and groups of illnesses.

Listed below are the subjects covered by the course, with credits specified:

• Social pharmacy, 4 credits
• Epidemiology, 3 credits
• Statistics, 3 credits

On completion of the course, the PhD candidate has achieved the following learning outcomes, defined in terms of knowledge, skills, and general competence:

Knowledge

The PhD candidate

• is able to conduct bioinformatics analysis projects in agreement with best practice (transparency and reproducibility) in the field of bioinformatic science's philosophy
• is in the forefront of knowledge about the current high throughput sequencing (HTS) technologies and understands the differences, benefits and drawbacks of these HTS technologies
• can evaluate and make sound decisions on which platform and bioinformatic approach to use for different HTS projects.
• Can contribute to development of new knowledge and interpret results from various HTS applications

Skills

The PhD candidate can

• Plan a HTS research project and choose optimal sequencing platform
• Carry out the relevant bioinformatic analyses both on the command-line (unix) and R-studio, and utilize web-based resources like Galaxy server and Genbank E-utilities.
• Interpret the results of bioinformatics analysis of HTS (e.g. reliability, sensitivity and specificity) and judge their value for answering biological questions
• Disseminate the results of HTS based research

General competence

The PhD candidate can

• argue in favour of particular HTS technologies or bioinformatic approaches on the basis of current knowledge
• argue in favour of the kind of materials and the number of samples to select/include in different kinds of HTS projects
• can participate in discussions on HTS methodology

Ingen

Etter fullført emne har studenten følgende læringsutbytte definert som kunnskap, ferdigheter og generell kompetanse:

Kunnskap

Studenten

• har bred kunnskap i matematikken elevene arbeider med i 1P-Y og 1T-Y - Vg1 yrkesfaglige program, med hovedvekt på tall og algebra
• har kunnskap om matematikkvansker og vanlige misoppfatninger i tall og algebra
• har kunnskap om grunnleggende ferdigheter i tall og algebra
• har bred kunnskap om regning som grunnleggende ferdighet i tall og algebra, i ulike yrkesfaglige program
• har bred kunnskap om innholdet i aktuelle grunnlagsdokumenter
• kjenner til og har bred kunnskap om aktuelle og relevante digitale læringsressurser som egner seg til bruk i arbeidet med tall og algebra

Ferdigheter

Studenten

• kan planlegge, gjennomføre og vurdere matematikkundervisning for alle elever på Vg1 i yrkesfaglige program, med utgangspunkt i yrkesdidaktiske prinsipper og anvendelse av kunnskaper om matematikkdidaktikk
• kan tilrettelegge matematikkundervisningen for elever med matematikkvansker, og for elever med stort læringspotensial
• kan gjennomføre formativt og summativt vurderingsarbeid i samsvar med forskrifter og nyere forskning på feltet
• kan anvende digitale læremidler og læringsressurser som omhandler tall og algebra, herunder undervisningsprogrammer, verktøyprogrammer, og nettressurser

Generell kompetanse

Studenten

• kan lede læringsprosesser som fremmer differensiert, tilpasset og yrkesrettet opplæring for å sikre alle elevers læringsutbytte
• behersker begreper og uttrykksformer i tall og algebra, og kan kommunisere dette skriftlig og muntlig
• kan identifisere og arbeide systematisk med grunnleggende ferdigheter i tall og algebra
• kan yrkesrette undervisning som omhandler tall og algebra, samt samarbeide med yrkesfaglærere om regning som grunnleggende ferdighet i programfagene
• kjenner til og kan anvende arbeidsmåter som fremmer motivasjon og opplevelse av relevans hos elevene

Se punkt om arbeids- og undervisningsformer i programplanen.

Arbeidskrav 1

Studenten skal jevnlig gjennom semesteret løse og levere 6 sett med regneoppgaver som omhandler tall og algebra, hvorav alle må være godkjente for å få godkjent arbeidskrav 1 for dette emnet. Fristene vil bli oppgitt ved semesterstart. Hensikten med arbeidskravet er å få bred kunnskap om tall og algebra.

Arbeidskrav 2

Arbeidskrav 2 består av to deler:

Del 1: en fagdidaktisk gruppeoppgave med fokus på tall og algebra, yrkesretting og regning i programfagene, samt kjennetegn på måloppnåelse. Arbeidskravet skal presenteres muntlig for medstudenter og lærer, 20-25 minutter.

Del 2: det skal leveres et individuelt refleksjonsnotat i etterkant av presentasjonen i del 1. Omfang: 650 ord +/- 10 %.

Hensikten med arbeidskravet er å kunne samarbeide i gruppe for å planlegge og utarbeide et yrkesrettet undervisningsopplegg i tall og algebra, samt utvikle seg som matematikklærer gjennom refleksjon.

Individuell skriftlig hjemmeeksamen, omfang 5 timer

Ny og utsatt eksamen

Ny og utsatt eksamen gjennomføres som ved ordinær eksamen, det gis ny oppgavetekst.

Studentens rettigheter og plikter ved ny/utsatt eksamen framgår av forskrift om studier og eksamen ved OsloMet - storbyuniversitetet. Studenter er selv ansvarlige for å melde seg opp til eventuell ny/utsatt eksamen på Studentweb.

Alle hjelpemidler tillatt