MABIO4400 Genomic Analysis Course description

The course discusses theoretical and practical aspects of modern DNS technology applied to detect genetic variation in the human genome (DNS), including NGS (Next Generation Sequencing) methods. It focuses on normal variation and variation in connection to predisposition for diseases. The laboratory part comprises a practical introduction to PCR method, DNA sequence analysis, DNA fragment analysis, and quantitative PCR (qPCR, analysis of gene expression). The practical part includes exercises with basic bio informatics tools for the analysis of DNA, RNA, and amino acids sequence data. The bioinformatics part also provides an introduction to the analysis of NGS data, including with the aid of RStudio.

The student must have been admitted to the study programme. The course is also offered as an individual course, provided available capacity.

After completing the course, the student is expected to have achieved the following learning outcomes defined in terms of knowledge, skills and competence

Knowledge

The student has

• in-depth knowledge of structural and molecular variation, such as sequence, length, and copy number variation, and mechanisms leading to genetic variation
• advanced knowledge of genetic variation that can lead to disease
• in-depth knowledge of screening methods that are used in medical genetics and high-throughput methods used for molecular genetic research
• advanced knowledge of the principles behind methods and their areas of application
• specialised insight into the areas of application for selected bioinformatics tools for DNA and RNA analyses.

Skills

The student is capable of

• carrying out independent basic analyses using the PCR technique, DNA sequencing, fragment analysis and qPCR
• independently assessing the suitability of methods and using this in the development of diagnostic methods
• understanding and interpreting quantitative qPCR results in an independent manner
• using basic bioinformatics tools in the development of methods and analysis of NGS data

Competence

The student is capable of

• familiarising him/herself with and taking a critical approach to new methods and apparatuses used in biomedicine (including NGS platforms), with a view to their areas of application, possibilities, and limitations

Work and teaching methods include lectures, seminars, laboratory courses, group work and self-study.

The following required coursework must be approved before the student can take the exam:

• minimum attendance of 80% at the laboratory course
• minimum attendance of 80% at seminars
• approx. three written laboratory reports in accordance with specified criteria

Exam content: The learning outcomes

Exam form: Individual written exam, 4 hours

Emnet har fokus på strålebiologi og strålingseffekter på tumor/normalvev som basis for behandlingsplanlegging ved stråleterapi. I emnet inngår doseplanlegging og vurdering av dosefordeling samt fiksering, simulering og kvalitetssikring av planlagt strålebehandling.

Studenten må være tatt opp på studiet. Emnet tilbys også som enkeltemne.

Etter fullført emne har studenten følgende læringsutbytte definert i kunnskap, ferdigheter og generell kompetanse:

Kunnskap

Studenten

• har inngående kunnskap om strålebiologiske effekter på molekyl- og cellenivå
• har avansert kunnskap om virkningen av ioniserende stråling på normalvev og tumorvev
• har inngående kunnskap om biologiske aspekter og strålebiologiske modeller som ligger til grunn for planlegging og utførelse av strålebehandling
• har inngående kunnskap om margin-, targetvolum-, og risikoorgandefinisjoner
• har inngående kunnskap om behandlingsprinsipper og behandlingsteknikker ved stråleterapi
• har inngående kunnskap om kriterier og verktøy for vurdering av dosefordelinger
• har inngående kunnskap om anbefalinger og retningslinjer for behandlingsplanlegging
• har bred kunnskap om kvalitetskontroll, prosedyrer og dokumentasjon av planlegging og behandling

Ferdigheter

Studenten

• kan anvende kunnskap om topografisk anatomi og ulike bildemodaliteter i behandlingsplanlegging og kvalitetssikring
• kan begrunne valg av fikseringsmetode, pasientposisjon og behandlingsteknikk
• kan analysere og kritisk vurdere volumer og marginer i stråleterapi
• har praktiske ferdigheter i behandlingsplanlegging og strålebehandling
• kan analysere og kritisk vurdere de ulike valg og avveininger som foretas i planleggingsfasen for å vurdere behandlingsopplegg ut fra gitte vurderingskriterier
• kan vurdere biologiske effekter av strålebehandling på tumor, risikoorganer og normalvev og begrunne valg av fraksjoneringsmønster

Generell kompetanse

Studenten

• kan diskutere og analysere faglige problemstillinger i strålebiologi og behandlingsplanlegging ved stråleterapi
• kan integrere kunnskaper og ferdigheter innen realfag og onkologi knyttet til problemstillinger ved behandlingsopplegg og -planlegging
• kan begrunne valg og vurderinger i forbindelse med kvalitetssikring av stråleterapi
• har innsikt i og kan identifisere etiske problemstillinger i forbindelse med behandlingsplanlegging for stråleterapi